《仙剑奇侠传三》故事发生在《仙剑》第一代的五十年前，那时候，李三思刚刚发出赤子的第一声啼哭；巫后还是襁褓中的婴儿，而剑圣，则还没有拜入蜀山修仙……

事情的起因是从锁妖塔顶端突然坍塌，封印被解除开始的，但是，更深层的因果却要追溯到千年前的神界。

神将军飞蓬与魔将军重楼因两界的冲突而屡屡交手，一直难分胜负，两人逐渐有惺惺相惜之意。

重楼提出要和飞蓬在自己发现的一处新仙界中决斗，一较高下，飞蓬碍于神界天规而犹豫再三，最终经不起重楼诱惑而答允。

两人势均力敌，比试旷日持久，最终惊动了天庭，天帝派兵捉拿飞蓬问罪，飞蓬因感知到追兵将至而分心，佩剑被重楼打落人间而落败……

光阴荏苒，飞蓬被神界问罪贬为人，经过多次转世成为渝州唐门永安当铺伙计景天。

同时，重楼自魔界窥探人间，偶然发现飞蓬的转世如此卑微平凡，心中动念想要帮助景天，于是来到人间，滋扰蜀山，想要帮飞蓬找回佩剑，无意中毁坏了锁妖塔，偶然得到了飞蓬在人间第一世——姜国太子龙阳——铸炼的魔剑。

景天得到魔剑的同时，结识了唐门小姐雪见，从此改变了自己的生活。

一开始被卷入雪见家族的内部斗争以及唐门和霹雳堂的争斗之中，而后遇到蜀山弃徒长卿及其未婚妻紫萱，景天走上了协助蜀山寻找五灵珠，封印锁妖塔的漫漫征途。

一直隐藏在魔剑中的鬼魂化身而出，竟然是景天前世龙阳的妹妹龙葵。

几个人的情爱纠葛，生离死别反复交织纠缠，雪见的离奇身世，紫萱不为人知的秘密，龙葵长久以来的心中愿望……伴随着人类与妖界死生存亡的争斗，而其实人的欲望，才是所有纷争的本源。

大宇指出《仙剑奇侠传3》使用的3D游戏引擎，历时两年开发完成，着重强化色彩和形体的处理，加入了如LightMap、柔性皮肤系统、实时粒子系统等等，符合《仙剑》所要表现的唯美柔情风格。在美术风格上重现并传递给玩家跟第一代一样的感觉。场景部分注重水、雾、云海的表现，结合强大的粒子功能，产生仙境般如梦如幻的感觉。

人物设定上仙三的人身比例采与仙剑1相同卡通版，颜色上则揉合了仙剑1的中国工笔重彩和日式卡通风格，并加重“明亮”感，而创造出全新的仙三人物。